労使協定方式を選んでいる会社様はいろいろと準備を進めているところと思われます。以下が今後のスケジュールになるのではないでしょうか。
2月中　労使協定完成、派遣先との派遣料金に関する打ち合わせ
3月中旬まで　協定及び評価基準等の従業員への説明検討、個別契約書、通知書等新書類の作成
3月末まで　労使協定締結、個別契約書締結
厚生労働省や労働局でも解釈が変更されています。ホームページは欠かさず見ていることをお勧めします。

基本給や手当の見直しが必要です。
基本給には、能力、今までのキャリア、年齢、家族構成などいくつかの要素が含まれており、ほかにも採用当時の賃金状況なども考慮されていることもあります。
パート従業員に正社員との違いを説明し、理解してもらうのに、特に基本給がとてもわかりずらくなっているのが現状と思われます。
ただし、現実として、基本給の賃金テーブルを変更することが難しいのならば、新しい手当を作り、なるべく基本給から分離して、わかりやすくしていく必要があると思われます。

パートや契約社員から

「正社員と給料が同じになるのか」
「あの正社員より私のほうがキャリアも長いし、業務について詳しいのだから給与が多いべきだ」
「賞与がいくら払われるのか」
などの声が聞こえてきているようです。
管理側は、言われる前に賃金や手当、評価基準などの見直し、整備が必要と思われます。
中小企業は、1年半ありますが、時間がないという声もあります。

想定される問題点として、

1、パートに賞与を払うようになると、103万円の壁によって、休みが多くなる。

2、パートとの違いが少なくなることによって、責任が軽いパート契約を希望する正社員が増えることもあり得る。

家族手当、住宅手当、通勤手当などは、職種が異なったとしても正社員に支給している場合は、パートや契約社員に支給する必要があると考えられます。

労使協定方式を選んだ場合、国が示した基準に、固定残業手当を手当てに単純に足して計算していいのか。この疑問については、来週に厚生労働省のＨＰに発表されるとのことです。

派遣事業者が、労使協定方式を選択した場合の賃金水準が発表されました。概要や能力・経験指数調整と地域指数調整などの記載があります。

https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000077386_00001.html

派遣料金の見直しなど派遣先との調整を進めていく準備をそろそろ考えていくことが必要なようです。

　労働者派遣事業を行っている事業者への調査が行われています。都道府県の労働局にはよりますが、ある労働局の調査内容について、記載しました。
以下が、調査内容です。
１）労働者派遣に関わる事項
　　①派遣基本契約書、派遣先からの抵触日通知書、個別契約書
　　②就業条件通知書
　　③派遣労働者通知書
　　④派遣元管理台帳
　　⑤派遣労働者に対する情報公開に関する書類　
　　⑥マージン率に関する情報公開に関する書類
　　⑦段階的、体系的な教育訓練等の実施状況について
　　⑧雇用の安定措置の実施状況について
　　⑨派遣先事業所一覧
２）請負事業に関する事項　
　　→　なぜ、請負契約まで調査するのか。
　　→　それは、請負契約という名のもとで、派遣が実態として行われていないか、を確認するためです。
３）その他、派遣元でなく、派遣先として、派遣従業員を受け入れてないかの調査もあります　
　　→　派遣先として問題なく運営しているかということだけでなく、派遣従業員を派遣している派遣元を調査することも目的としています。いわゆる反面調査です。

　細かい調査が入るのは、事業所にとって面倒なことではありますが、きちんと書類を整備し、法律を正しく理解し、派遣事業を適正に運営していくことが、派遣先への信用の獲得と考えれば、この際に正していくことは決して悪いことではありません。
　但し、書類が派遣先の協力が得られず、すぐに修正できない、もしくは法律を守っていく意識が低いと労働局に思われてしまうと、派遣事業の停止を言われることもあり得ます。
　是非、調査に入られる前に、法律の正しい理解や書類の整備をしていただくことを強くお勧めいたします。
　派遣について、理解している社会保険労務士はかなり少ない状況です。中途半端な知識で、労働局に対応することは危険ですので、派遣について理解されているかをよく確認して、相談された方がよろしいかと思われます。