「給与から厚生年金保険料を天引きされていたのに、その間の年金加入の記録がない・・」

故意にせよ過失にせよ、事業主が従業員の給与から厚生年金保険料を天引きだけして、年金事務所に資格取得の届出や保険料の納付をしないことは、絶対にあってはいけません。

しかし、そのようなことが起きてしまい、すでに国が保険料を徴収する権利が時効によって消滅しているような場合、次のように対処されます。

被保険者から厚生年金保険料を源泉徴収（天引き）していたにもかかわらず、事業主が社会保険事務所（現在は、年金事務所）に対して、当該保険料の納付および被保険者の資格関係等の届出を行っていたことが明らかでないと日本年金機構で訂正が行える事案または地方厚生局で地方年金記録訂正審議会より記録訂正の答申があった事案について

・日本年金機構は、年金の保険給付の対象とするための年金記録訂正を行う。
・事業主は、時効（2年間）消滅後であっても、納付すべきであった保険料を納付することができることとし、日本年金機構がその納付を勧奨する。

（引用元）厚生年金保険の保険給付及び保険料の納付の特例等に関する公表について

給与から厚生年金保険料が天引きされていたのに年金記録がない人は、その期間の記録があったものとして決定されます。
※ただし、事業主が届出や納付をしていない事実を当人が知っているような場合はこの限りではありません。

事業主や役員が保険料を納付しない場合

日本年金機構から勧奨された保険料を事業主や役員が納付しない場合、厚生労働省はその事業所名・事業主または役員等の氏名を公表します。

公表期限までに特例納付保険料の納付申出をしなかった事業主など

年金加入記録に「もれ」や「誤り」があった場合

今はねんきん定期便があるので、年金加入記録はある程度、各人で確認しやすい体制になっています。
「給与から引かれてるのに記録がない？金額が間違っている？」という場合は、年金事務所に問い合わせをすることができます。